Project目录和ProjectSrc目录中java类不一致？

遇到一个奇怪的问题， 用android killer成功反编译某个项目之后， 发现ProjectSrc目录下的一些java类，没有被反编译到Project目录下。 用apktool和dex2jar处理classes.dex， 这些类也不见。  为什么android killer只读取出， 但没有反编译它们呢？ 期待作者给予指点， 万分谢谢！  

感觉是 修改过classes.dex，隐藏了特定的类方法。可是为什么只有Android killer能读出来呢？